El Archivo Histórico Diocesano concentra documentación histórica de diversas instituciones de la diócesis de Santander, generada en el desempeño de sus funciones, como son la curia diocesana, las delegaciones, secretariados, así como los archivos de personas físicas o jurídicas significativas en la vida diocesana. Documentación de parroquias No obstante, la mayor parte de documentos que conserva el Archivo proceden en su mayoría de las parroquias situadas en el ámbito territorial de la diócesis de Santander que comprende la comunidad autónoma de Cantabria, menos Villaverde de Trucíos, y el Valle de Mena. En total, hay depositados 647 fondos parroquiales, de los que 24 corresponden a parroquias desaparecidas. Dentro de la documentación parroquial los registros sacramentales son la serie documental más abundante. El documento sacramental más antiguo corresponde a dos registros originales de bautismo de 1501 y 1502 procedentes de la parroquia de Santa María del Llano, produciéndose un salto hasta el año 1526, fecha del primer libro registro completo de bautizados, casados y difuntos de la parroquia de El Bosque, en que se generaliza este tipo de documento para el resto de parroquias. La documentación de las parroquias está clasificada respetando el principio de procedencia, siendo las tipologías documentales más frecuentes las siguientes: registros sacramentales de bautizados, casados, difuntos y confirmados, de cumplimiento pascual, padrones de almas, documentos de fábrica parroquial y contabilidad, de ermitas y capillas, libros de aniversarios y misas, de capellanías, de cofradías y hermandades, etc. Colección de Pergaminos Entre la documentación eclesiástica destacan la Colección de Pergaminos y la de Hojas de Cantorales. La primera está integrada por 225 piezas con fechas comprendidas entre el año 962 y 1777. El mayor número, ciento sesenta y nueve unidades, proceden de la antigua abadía colegiata de Santa Juliana, veintiuno pertenecen al monasterio de Santo Toribio de Liébana, doce pertenecen a la parroquia de Santa María de Castro Urdiales, veinte al Convento franciscano de La Canal en Soto de Carriedo y el resto a diversas parroquias de la Diócesis de Santander. Archivo de música. Hojas de Cantoral Respecto a las Hojas de Cantoral se han identificado más de 130 fragmentos litúrgico musicales de los siglos XIII y XVI y fueron reutilizadas como cubiertas y guardas para proteger los documentos sacramentales u otros de las parroquias. Documentación civil En el archivo diocesano hay una sección voluminosa de documentación civil de época moderna procedente de los entes de gobierno locales (antiguos concejos y barrios, entidades territoriales mayores, como los juntas o valles, etc..) conservada desde su orígen en el interior de los templos parroquiales, custodiada dentro del arca de los privilegios, debajo del altar. Hay más de 70 instituciones civiles con un número significativo de documentos.

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En el Archivo histórico diocesano hay una sección voluminosa de documentación civil procedente de las desaparecidas instituciones de gobierno local y supralocal existentes en la antigua unidad territorial y administrativa de la actual Cantabria. Se trata de los documentos generados por los concejos de vecinos, así como por otras unidades administrativas de carácter supraconcejil, como las juntas, valles, alfoces, etc., que desde el siglo XV y hasta el siglo XIX regían los asuntos públicos que afectaban al conjunto de la comunidad, tales como la explotación de las dehesas y montes, el uso del molino, el pastoreo y guarda de ganados, el mantenimiento de caminos, la elaboración de ordenanzas, el cobro de impuestos, etc. El grueso de la documentación conservada pertenece a 27 instituciones locales, siendo el total de fondos civiles 83. Está repartida en 235 cajas o legajos que ocupan 31 metros lineales de estantería. Las fechas de la misma van desde 1445 hasta finales del siglo XIX, aunque también se conservan algunos documentos del siglo XX. Por razones históricas que explican la simbiosis entre la vida religiosa y civil, el concejo fiscalizaba las cuentas de la parroquia, controlaba el nombramiento de sus mayordomos y consideraba como de los vecinos el edificio parroquial, etc. Esto explica que confiara la custodia de sus documentos públicos a la iglesia o parroquia de turno, conservándose desde su origen en el interior de los templos, dentro del arca de tres llaves oculto debajo del altar Con la transformación de la administración local y la aparición de los ayuntamientos, los órganos de gobierno de las unidades administrativas menores fueron perdiendo sus funciones, hasta rozar su desaparición, en algunos casos, y los archivos concejiles fueron olvidados en los templos, mezclándose con los papeles de la iglesia y quedando bajo la custodia del personal eclesiástico, sacerdotes y mayordomos. Entre la documentación conservada podemos encontrar, actas de acuerdos del concejo, ordenanzas, cuentas, padrones de vecinos, asuntos de deslindes de términos, de prendadas, de aprovechamientos de pastos y montes, órdenes y circulares comunicadas a los concejos, etc.

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